A Secretaria Municipal da Saúde tem por finalidade formular e executar a política de saúde pública do município, com as seguintes áreas de competência: Direção, formulação e coordenação da política de saúde do município de acordo os instrumentos legais que dispõem sobre o Sistema Único de Saúde – SUS; planejamento e operacionalização das ações e serviços públicos de saúde; regulação, controle e avaliação dos serviços de atenção à saúde em todo o território Municipal; ações de promoção da saúde da população, vigilância, proteção, prevenção e controle das doenças e agravos à saúde, abrangendo vigilância epidemiológica, sanitária, ambiental e do trabalhador; integralidade da assistência à saúde; participação no desenvolvimento das ações e serviços do sistema vigente de saúde, concorrentemente com outras esferas do Poder Público;  promover e desenvolver a política de gestão do trabalho e educação permanente em saúde; prover as condições materiais e administrativas necessárias ao funcionamento da rede de saúde do SUS São Felipe – gestão dos recursos financeiros do Sistema Único de Saúde; apoiar o processo de mobilização social em defesa do Sistema Único de Saúde; ações de auditoria no âmbito do Sistema Municipal de Saúde para a melhoria da qualidade da atenção à saúde.

Vinculado esta secretaria temos o Centro de Atenção Psicossocial (CAPS), unidade especializada em saúde mental para tratamento e reinserção social de pessoas com transtorno mental grave e persistente. O centro oferece um atendimento interdisciplinar, composto por uma equipe multiprofissional que reúne médicos, assistentes sociais, psicólogos, psiquiatras, entre outros especialistas.