A Secretaria Municipal de Educação, é um órgão da Administração Direta, do município e tem como principal objetivo assegurar a qualidade do ensino nas 17 unidades escolares municipais de educação da rede municipal e consolidar São Felipe como uma cidade educadora, assim como o cumprimento da Lei de Diretrizes e Bases da Educação. O trabalho visa à formação de cidadãos participativos, conscientes de seus direitos e deveres, com olhar crítico em relação à realidade social. Entre outras atribuições, promove a participação comunitária na gestão do Sistema Municipal de Ensino e incentiva a inovação do processo educativo, por meio da valorização de novas ideias e concepções pedagógicas.

Vinculado esta secretaria temos o Núcleo de Apoio Pedagógico (NAP), um setor especializado em atendimento pedagógico e psicopedagógico aos alunos, apoio didático-pedagógico aos professores e coordenadores da educação básica municipal. O  NAP apresenta-se como o canal de referência aos alunos, de forma a atendê-los em suas necessidades individuais e/ou coletivas, emocionais e/ou cognitivas e em qualquer outra forma de aprender, de ser e de se relacionar com o ensino. O setor desenvolve estratégias de acolhimento aos alunos e por meio de uma escuta qualificada busca compreender suas demandas para atuar criando melhores condições pedagógicas que visam a favorecer o desenvolvimento intelectual e emocional desses jovens nessa nova etapa da vida, tentando, desta forma, prevenir o enfraquecimento da aprendizagem.